(1)天平 它是用于精确称量各类试剂。实验室常用的是电子天平，电子天平按照精度不同又有不同的级别。

(2)培养箱 培养箱有很多种类型，它的用途在于为微生物提供一个适宜的生长环境。 主要类型包括生化培养箱，霉菌培养箱，厌氧培养箱等。它们的区别主要在于：
a. 生化培养箱只能控制温度。这类培养箱可作为一般细菌的平板培养。
b. 霉菌培养箱可以控制湿度和温度。它主要用在霉菌的培养。
c. CO2培养箱适用于厌氧微生物的培养，例如双歧杆菌。
(3)超净工作台 微生物的培养都是在特定培养基中进行无菌培养，那么无菌培养必然需要超净工作台提供一个无菌的工作环境。超净工作台的主要用途是微生物的接种及处理时的无菌操作。
(4)菌落计数器 菌落计数仪可帮助操作者计数菌落数量。通过放大，拍照，计数等方式来准确的获取菌落的数量。有些高性能的菌落计数器还可直接连接电脑来完成自动计数的操作，方便快捷的计数。
(5)微生物均质器 它的作用在于从固体样品中提取细菌。用微生物均质器制备微生物检测样本具有样品无损伤、无污染、不升温、不需要洗刷器皿，不需灭菌处理等特点，是微生物实验中使用较为方便的仪器。
(6)微波炉/电炉 它主要用于溶液的快速加热，微生物固体培养基的加热溶化。
(7)摇床 摇床是实验室比较常用的一种仪器，在微生物实验操作过程中，液体培养基培养细菌时需要在特定温度下振荡使用。
(8)移液器 它是用于精密量取各类液体。常见的液体量器有量筒、微量取液器、移液管、刻度试管、烧杯等等。
(9)生物显微镜 由于微生物的体积比较小，所以在观察时需要借助生物显微镜。生物显微镜主要用于微生物和微小物品结构和形态等方面的观察。
(10)高压灭菌锅 微生物学所用到的大部分实验物品、培养基、试剂都应严格通过消毒灭菌。灭菌锅也有不同的大小型号，有些是手动的，有些是全自动的。用户就要根据自己的需要选购。
(11)冰箱 冰箱是实验室中保存试剂和样品必不可少的仪器。微生物学实验中用到的试剂有些要求是4度保存，有些要求是负20度保存，实验人员一定要看清试剂的保存条件，放置在恰当的温度下保存。具体来说，不同温度下保存的物品如下：
a. -20℃适用于某些试剂、药品、配好的抗生素等。
b. -80℃适合某些长期低温保存的样品、大肠杆菌菌种、感受态等的保存。
c. 4℃适合储存某些溶液、试剂、药品等。
(12)生物安全柜 微生物实验中所涉及到的部分试剂和样品微生物有些是有毒的，对于操作人员来说伤害比较大。为了防止有害德悬浮微粒、气溶胶的扩散，可以利用生物安全柜对操作人员、样品及样品间交叉感染和环境提供安全的保护作用。
(13)纯水装置 纯水装置包括纯水机和蒸馏水器。蒸馏水器的价格比较便宜，但在造水过程中需要有人值守;纯水机价格高些，但是使用方便，可以储存一定量的纯水。纯水的使用也有不同级别，实验中配制试剂，配制培养基均都需用纯水。
(14)冷冻干燥机 主要适用于细菌、微生物、酵母等的干燥作用。用于干燥保存易脱水的产品，在加水以后能够再次恢复原材料的特性，不影响其生物活性。通过冷冻干燥，细菌之类的材料成为干燥状态，从而不会发生化学改变。
(15)分光光度计 分光光度计在微生物试验中用于测定微生物悬液的浓度，可以正确选取合适的培养时间。一般是在600nm波长测定菌液浓度。
(16)恒温干燥箱 恒温干燥箱是用于灭菌和洗涤后的物品烘干。烘箱有不同的控温范围，用户可以根据实验需求进行选择。
(17)酸度计 用于配置试剂时精确测量PH值，从而保证配置的溶液的精确性。有时也需要利用pH计测定样品溶液的酸碱度。
(18)离心机 用于收集微生物菌体以及其他沉淀物。离心机有冷冻和常温之分。有些样品由于在常温下不太稳定，需要低温环境，要视样品的种类而定。
(19)恒温水浴锅 水浴锅是一种控温装置，水浴控温对于样品来说比较快速且接触充分。有些微生物反应需要在37度，42度，56度下水浴进行，所以恒温水浴锅可以提供需要的温度。
(20)液氮罐 液氮罐储存液氮，可用于细菌、酵母、霉菌和大型真菌等各种微生物的长期保存。