让通风柜提供最佳的保护能力，使用人员的正确操作是其重要因素。正确的操作及工作方式，将可以大幅降低污染物外泄之可能性，延长通风使用寿命。

一、操作前检查
操作人员在启动楼顶风机系统后，即可开始使用通风柜，在使用通风柜前需先检视：
1.电源开关是否都处于开启位置。
2.日光灯开关是否打开。
3.通风柜是否处于排风状态。
当所有检查结果一切正常时方可开始操作通风柜。
二、通风柜正确操作模式
1.玻璃视窗全开状态仅在组装、调试内部仪器设备或清洁柜内空间时方允许出现，此为“调试状态”。
2.调玻璃视窗开至使用者手肘处（半开），使操作人员手伸入柜内操作实验，而胸部以上则受玻璃视窗安全钢化玻璃所屏护，此为“正常操作状态”。
3.调节门开至最低开度，操作人员离开，使柜内实验程序自行反应或暂停实验，此为“待机状态”。
4.实验人员在通风柜实验进行中时，应避免将头伸入调节门内，以避免危险。
5.通风柜内应避免放置过多非必要物品、器材，以免干扰空气的正常流动，造成扰（湍）流。
6.实验物品、器材放置在通风柜内时，应距离调节门内侧150mm左右，以确保排气顺畅。
7.操作人员在结束工作、离开通风柜前，应将通风柜内设备电源关闭，并将所有水、电、气开关予以关闭，将调节门降至最低位置后方可离开。
8.通风柜内虽均为高分子耐腐蚀材料，但为延长使用寿命，适当的清洁保养是必要的。平时使用时若有试剂、药品喷溅应即时拭擦、清除，在每天停止工作离去前，应将内部以清水擦拭清洁，每三个月至少一次将导流板卸下清洗检查。
9.通风柜下方的柜子因装有电源控制箱，所以严禁放置任何具有腐蚀性物质，也不能将电源控制箱挡住，以免发生危险。
10.每台通风柜都有电路保护系统（热继电器+交流接触器双重防护），设总电源用断路器（NFB）一只(附漏电保护)，对风机、风阀、灯具及插座实行控制保护。电源插座仅提供10A/220V使用规格，当设备总用电超过10A时，需另行设计。
三、设备及材料的正确摆放位置
柜内放置装备或仪器时，其摆放位置会影响通风柜内气流形态，当操作人员站在通风柜前方时，会造成一股涡流，而此时如果操作人员前方物品置放位置不正确时，将会导致这种逆流及扰流的情形加重。
为此提供几种建议做参考：
1.器材应尽量于靠通风柜内部深处放置，并应至少距离调节门15至20厘米。
2.若因装备过长而将其伸出调节门外，或置放之位置足以影响调节门之开启或关闭。
3.当放置设备高度超过10厘米时，此设备下方需要有气流通道，可使用不锈钢支架将设备架高，中空型或孔状支架可以降低对气流形态之干扰。
4.应避免在通风柜内置放过多的设备及仪器，在通风柜内的装备或其它设备总面积不得超过台面板面积50%。
5.通风柜内如须使用需用电源之设备或仪器时更应注意，该设备应接地，以降低火花产生的可能性。电源线应从下方进气口处拉出，外接电源插座，电源插座也应有完善及经过认证的接地设施。
6.柜内有产生高热负载设备，其热源将会造成柜内气流变化，影响通风柜玻璃视窗开口下方的表面风速。热气流会增加玻璃视窗开口下方的表面风速，开口上半部的表面风速降低。
7.由于一般在通风柜内的上方以及调节门的后方都会有逆流及涡流的存在，所以应尽量避免在这两个部位产生大量之气流扰动。
四、操作人员的位置与动作
1.通风柜操作人员应随时注意自己本身与通风柜之相对位置，因为通风柜内会聚集污染物质，所以操作人员绝对不可以在通风柜实验进行中的任何时刻，将头伸进通风柜内，这将会造成污染的空气流经操作人员的呼吸区。
2.当通风柜内开始产生污染物质时，操作人员必须慢慢地接近或离开通风柜，因为快速的移动将会造成靠近通风柜前开口处的气流产生扰动，而带出柜内之污染物质。
3.在通风柜前方，操作人员亦应避免快速的挥动手臂以及移动位置。
五、垂直与水平拉门之正确位置
1.除必要外，应随时将垂直拉门置于最低之位置，除可保护操作人员并能降低调节门把手阻挡操作人员之视线。通风柜之调节门仅可在“调试状态”时方可置于全开位置。
2.将调节门降至操作人员呼吸区以下，其作用在于建立一个人员与柜内污染物间之隔离屏障，以保护操作人员。
3.当空气进入水平调节门开口时，沿着调节门的垂直边缘的区域会产生涡流，涡流会向柜内后方延伸并且会将污染物质带回到调节门。所以无论污染于柜内何处产生，都会在调节门附近聚积。
4.调节门虽可在柜内发生飞溅或爆炸等意外事件时，对操作人员提供保护，但是必须切记调节门内侧污染物浓度值为最高。一般而言，必须避免在调节门前做快速的移动。
5.避免快速地从柜内取出物品或装备。
6.在不使用通风柜时应随时保持调节门于关闭位置。
六、降低通风柜附近区域人员流量
当有人走过通风柜前方时会产生大量的横越气流，因此当柜内正在产生具危险性之物质时，应通知其它在实验室人员，并限制人员经过通风柜前方或改道。
七、确保通风柜清洁干净
当通风柜处理过具高毒性、高残留性或放射性的物质后，应立刻对通风柜内部加以清洁及去除污染。
被污染之通风柜应挂上一明显的警示牌，并告知维修人员那些管路系统可能会被污染，以免伤及维修人员。
八、通风柜内不可储存任何物品
实验室通风柜不应该做为替代化学品储存柜而于柜内储放化学物品，通风柜会因为柜内储放过多的物品以及有效工作空间缩减而造成性能降低。
九、总述
下列为正确使用通风柜注意要点归纳：
1.操作人员在通风柜前工作时随时与调节门保持150mm以上距离。
2.从柜内取出物品时动作宜小。
3.不工作时，应确保玻璃视窗处于关闭状态。
4.调整导流板需要在制造商或有资质的相关人员指导下进行。
5.将柜内污染物及设备等垫高，同通风柜台面板隔空，以使气流能从其下方通过。
6.如需在通风柜内储放必要物品或设备时，应尽量将其置于左右侧边上，并且远离污染产生源。不可储存会伸出柜外或妨碍调玻璃视窗开合或者会阻挡导流板下方开口处的物品或设备。
7.尽量减少在通风柜内以及调节门前进行大幅度动作。